成土母质是花岗岩、斑晶花岗岩、花岗片麻岩的残积物、坡积物，少部分为河流的淤积物和洪积物。全区的土壤共划分为4个土纲（淋溶土纲、半水成土纲、水成土纲、有机土纲）、4个土类（暗棕壤、草甸土、沼泽土、泥炭土）和14个亚类。因本区海拔不高，无明显高山，土壤的垂直分布不明显，只有地域性分布规律。地带性土壤为暗棕壤分布于山坡地，占保护区面积的84.91%；非地带性土壤为草甸土、沼泽土、泥炭土，占保护区面积的15.09%；其中草甸土占1.20%，分布于林中空地、河岸台地上；沼泽土占13.07%、泥炭土占0.82%，均分布于河流两岸的低洼地和山间谷地排水不良的地段。土层厚度在30—60cm。山坡地的暗棕壤是生长着原始阔叶红松林的具有较高肥力的土类，其表层具有较厚的腐殖质层、有机质含量较高，质地以壤土为主、向下层石砾含量渐多，土壤剖面通体呈酸性，土色以暗色为主、向下逐渐变浅，土壤肥力较高。