带岭北部地区的主要河流为永翠河，发源于达里带岭中部，从保护区南端流过，它是西南岔河的主要支流之一。西南岔河汇入小兴安岭主要河流——汤旺河，汤旺河于汤原县流入松花江，属于松花江水系。

保护区最大河流为凉水河（沟），全长10 km，汇水面积约5000hm²，是永翠河的最大支流之一，发源于保护区北部的岭来东山，由北至南贯穿全境，由于其流域内密被原始森林，河水凉澈袭人故称凉水河，此地也因此叫“凉水”，另外还有牛奶沟、安全沟、向阳沟等数十条山溪性河流。境内雨量充沛、溪流众多、地下水资源丰富。由于降水季节和地形的变化，河流径流受季节性降水影响较明显。一般冬季降水小、河流水位低。一年中有两次高水位，第一次为春季的冰雪消融的“桃花水”所致；第二次为夏季的7-8月份的雨季，由于雨水集中，常使水位暴涨暴落，水质土壤有机质含量增加、水色加深，水流时而溢出河床，但一般形不成洪水灾害。河流一年四季无干枯现象，一般11月至翌年4月为封冻期，冻冰在0.6—1.0米厚。