我国公布的国家重点保护植物种中，黑龙江省有16种，而凉水国家级自然保护区就有6种，即水曲柳、黄菠萝、钻天柳、紫椴、野大豆、红松。本区经济植物资源比较丰富，经济植物有480余种，以药用植物种类最多，已被收入中国药典的有贯众、乌头、三棵针、升麻、五味子、党参、龙胆等70余种。山野菜中的蕨菜、猴腿菜、黄瓜香、刺嫩芽等均为对日本出口的名菜。野果资源中除品质优良、营养丰富的松籽、榛子和著名的维C之王—刺玫果以外，尚有近年来倍受重视的兰靛果和狗枣猕猴桃等，已成为优异的酿酒原料。

本区重点保护的建群种红松，为第三纪冰川的孑遗种，至少在地球上存在3000万年以上，现有的阔叶红松林的面貌、结构至少形成于3000年以前，它曾广泛分布于东北东部山地，是地带性顶极的森林植被，现在所剩无几。本区的红松为老龄林，红松个体最大寿命可达500年，胸径可达1.5米，树高可达40米，单株结实量可达30千克。