保护区森林类型多样、地形复杂、雨量充沛，倒木、枯立木交错横生，枯枝落叶层深厚肥沃，为腐生、兼性寄生等不同生态习性的真菌种群提供了优越的生长发育条件，孕育着丰富的真菌资源。经过多年的调查、采集，共整理鉴定出578余种，分别隶属于7纲21目59科。其中伞菌目和非褶菌目的种数占全区真菌种数的80％左右。

保护区已知的食用菌有133种，隶属于21科55属，其中利用价值较大的有80种，当地传统食用的有30多种。其中金顶侧耳、密环菌和亚侧耳为世界著名食用菌，称为东北有名的三大食用菌。

保护区内药用真菌比较丰富，种类多、产量大。属于传统中药或民间药物以及国外目前研究试验有药效的种类有65种，隶属于22科46属。

已知保护区内毒菌有31种，隶属于9科13属，绝大多数是担子菌，子囊菌只有1种。

本区大型伞菌有200种，其中树木外生菌根菌有62种，隶属于10科21属，主要集中在红菇科、丝膜科、牛肝菌科、口蘑科、鹅膏科，少数属于蜡伞科、粉褶菌科、老光柄菇科、环柄菇科和桩菇科。这些菌根菌种群与松科、山毛榉科、桦木科、杨柳科等树木形成共生菌根茵，尤其是红松、落叶松、云杉、冷杉、桦类、椴树类等小兴安岭建群树种与真菌共生关系比较密切。对这些树木的更新、生长发育及森林生态系统的结构和功能方面均具有重要意义。

本区各森林类型中，生在立木、倒木、伐根上的木材腐朽菌极其丰富，已知的有110余种，隶属于8科48属，绝大部分属于多孔菌类。木材腐朽菌是森林生态系统中森林微生物的重要组成部分，对其它微生物种群分解含有纤维素和木素的木材起先锋和主导分解作用，是森林生态系统中物质循环和能量转化的重要连锁环节。